Capitão Tsubasa é a história apaixonante de um aluno do ensino fundamental cujos pensamentos e sonhos giram quase inteiramente em torno do amor pelo futebol. Tsubasa Oozora, de 11 anos, começou a jogar futebol ainda muito jovem e, embora fosse principalmente um esporte recreativo para seus amigos, para ele se tornou uma obsessão.
Para perseguir seu sonho da melhor maneira possível durante o ensino fundamental, Tsubasa se muda com sua mãe para a cidade de Nankatsu, conhecida por seus excelentes times de futebol do ensino fundamental. Mas, embora ele fosse facilmente o melhor em sua antiga cidade, Nankatsu tem muito mais concorrência, e ele precisará de toda a sua habilidade e talento para se destacar entre essa nova multidão.