Depois de viajar anos-luz longe da Terra, a nave espacial Macross transporta uma cidade de civis e soldados de volta para casa. Eles lutam continuamente contra a ameaça dos Zentradi e Meltrandi, raças alienígenas gigantes com as quais a humanidade trava uma guerra.
Durante uma batalha, a Macross se transforma em um mecha operado pelo piloto de caça Hikaru Ichijou. Enfrentando várias dificuldades, Hikaru se aproxima da ídolo da cidade, Minmay Lynn. No entanto, à medida que o relacionamento deles se desenvolve, ele é visto com desconfiança pelos outros devido ao status e à popularidade de Minmay.
Com a guerra em pleno andamento e a situação da Terra desconhecida, Hikaru e seus companheiros soldados continuam lutando contra seus inimigos misteriosos. Em meio ao derramamento de sangue, Hikaru e Minmay tentam manter seus sentimentos um pelo outro. Minmay se dedica de coração à sua música, que pode acabar sendo a chave para encontrar a paz.
