O Império Britânico Sagrado é uma nação poderosa que usa sua força militar para expandir seu domínio, e a pequena nação insular do Japão é mais uma vítima. Durante um conflito mundial em 2010 conhecido como a Segunda Guerra do Pacífico, o país outrora orgulhoso foi reduzido a escombros e renomeado de forma zombeteira como Área 11.
No entanto, um estudante planeja libertar o Japão do controle da Britannia por meio de uma rebelião extraordinária. Seu nome é Lelouch Lamperouge, e ele é movido pelo ódio ao Império, planejando apagar seu nome amaldiçoado da face da Terra. Os planos maliciosos de Lelouch são inesperadamente acelerados ao conhecer a misteriosa mulher C.C., que lhe concede uma habilidade sobrenatural conhecida como Geass, que torna qualquer pessoa sob o comando de Lelouch incapaz de desafiar sua vontade.