Um dia, o clima tão tranquilo da Ourin Gakuen muda repentinamente. A professora Kusunoki, a chamada “subheroína”, juntamente com a maioria dos alunos, toma o controle da escola após um golpe de Estado. O diretor é espancado e agora cabe a Yuu Sakurano, Yuzuki Kaede e Nagomi Fujikura recuperar a escola das mãos dela e restaurar os dias de paz de outrora.
Este é o início de uma guerra em grande escala, algo que esta escola nunca viu antes.